Anaal Nathrakh появились в 1998 и играли сырой бескомпромиссный блэк-метал. Две демки, выпущенные в 1999 носили названия Anaal Nathrakh и Total Fucking Necro. Следом за ними, группа подписалась на лейбл Mordgrimm, на котором был выпущен в 2001 году дебютный альбом The Codex Necro, продолживший линию блэка, но уже с элементами грайнда.

В 2002 первые 2 демки Anaal Natrakh были скомпиллированы в один 10-трековый диск, названный Total Fucking Necro. Он был выпущен для другого андеграундного английского метал лейбла Rage Of Achilles. В 2003 году на лейбле Mordgrimm был выпущен первый и пока единственный EP банды, When Fire Rains Down from the Sky, Mankind Will Reap As It Has Sown.

В 2004 Anaal Nathrakh выпустили свой второй полноформатный альбом Domine Non Es Dignus на французском лейбле Season of Mist. На этом альбоме с блэк-металлическим саундом появилось уже гораздо больше грайндовых и дэз-вставок..

Два года спустя, в 2006, был выпущен третий альбом группы. Названный Eschaton'ом, который ознаменовал еще больший уход группы от блэк-металлических корней. Кроме грайндовых и дэз-элементов добавился еще и чистый вокал. На этом альбоме в качестве гостей засветились такие известные личности, как Shane Embury из Napalm Death и Attila Csihar из Mayhem.

Альбом Hell Is Empty and All the Devils Are Here был выпущен бандой на новом записывающем лйбле FETO Records, в октябре 2007.

Релиз альбома In the Constellation of the Black Widow состоялся 29 июня 2009 года.